Hepatitis B e antigen(HBeAg) merupakan produk dari gen nukleokapsid (core) HBV, tetapi tidak seperti HBcAg, HBeAg disekresikan dalam serum. HBeAg merupakan penanda aktivitas replikasi virus yang berkaitan dengan infektivitas dan kerusakan hati.
Terdeteksinya HBeAg dalam serum di atas 3-4 bulan menandakan infeksi HBV kronis. Pada pasien dengan infeksi HBV kronis, HBeAg bertahan selama beberapa bulan sampai tahun yang menandakan fase replikasi aktif infeksi HBV kronik. HBeAg menghilang pada 10% pasien dengan hepatitis B kronik per tahunnya, bersamaan dengan penurunan replikasi virus sampai tidak terdeteksi atau hampir tidak terdeteksi.